大陸全面部署海關特殊監管區域整合優化，並分近期、中期、遠期，二○一五至二○一六年將對海關特殊監管區域新設嚴格審批，推動口岸與海關特殊監管區域及海關特殊監管區域間聯動發展，在符合條件的海關特殊監管區域展開內銷選擇性徵收關稅、貨物狀態分類監管、貿易多元化等試點，支持區內企業利用剩餘產能承接境內區外委託加工，推廣期貨保稅交割、境內外維修、融資租賃等監管制度，同時將按照公平競爭原則擴大跨境電子商務進口業務，加速管理部門信息互換、監管互認、執法互助，進一步推動國際貿易「單一窗口」。
二○一七至二○一八年，將在試點基礎上，複製推廣試點成熟的創新制度措施，修訂完成統一的海關對綜合保稅區監管辦法，構建海關特殊監管區域發展績效評估及配套制度體系。至於二○一九至二○二○年，將制定綜合保稅區管理條例，將海關特殊監管區域打造為自由貿易試驗區的重要載體，服務「一帶一路」發展戰略，建立與沿線國家海關特殊監管區域的常態化和務實性合作機制。
這項整合優化方案，是由中國國務院頒布，在一九九○年上海外高橋保稅區設立後，國務院先後批准設立保稅區、出口加工區、保稅物流園區、保稅港區、綜合保稅區和跨境工業區等六類一六○個海關特殊監管區域，經整合目前共有海關特殊監管區域一二二個。二○一二年，國務院發布促進海關特殊監管區域科學發展意見，首次明確提出推動整合優化，促進海關特殊監管區域發展。
面對全球貿易持續低迷，國際產業轉移，大陸經濟發展進入新型態及對外開放，特別是實施「一帶一路」、京津冀協同發展、長江經濟帶等重大戰略，推動外貿穩定增長和轉型升級，因此對海關特殊監管區域發展提出更高要求，惟海關特殊監管區域在發展過程中，也面臨亟待解決的問題。相對這項整體部署，也將為海關特殊監管區域的發展提供重大轉折，意味海關特殊監管區域發展，將進入新的歷史階段。
為進一步優化海關特殊監管區域產業結構，方案提出帶動大型項目入區發展、促進與製造業相關銷售、結算、物流、檢測、維修和研發等生產性服務業發展、推進內銷選擇性徵收關稅政策先行先試。其中，選擇性徵收關稅指區內生產的貨物在國內銷售時，企業可自主選擇按對應進口料件或貨物出區實際狀態繳納關稅。有助區內企業對接市場，優化產業結構，鼓勵加工貿易向海關特殊監管區域集中。海關特殊監管試點有橫琴新區、平潭綜合實驗區、自由貿易試驗區。
方案提出區內企業利用剩餘產能承接境內區外委託加工（委內加工）、推進貨物狀態分類監管和貿易多元化試點。委內加工指區內企業利用剩餘產能承接境內區外的委託加工業務，有助企業提高生產效能。貨物狀態分類監管指允許非保稅貨物入區儲存，與保稅貨物一同參與集拼、分撥，根據採購訂單最終確定貨物實際離境出口或返回境內區外。目前，已在上海、福建自由貿易試驗區海關特殊監管區域試點。
貿易多元化指在符合條件的海關特殊監管區域內設立貿易多元化功能區，賦予功能區內企業一般納稅人資格，展開貿易、倉儲、物流配送等業務。目前，已在蘇州工業園區綜合保稅區和重慶兩路寸灘保稅港區試點。
為發揮海關特殊監管區域保稅功能優勢，方案提出推進新興產業「保稅+」計劃，鼓勵企業開展境內外維修、跨境電子商務、期貨交割、融資租賃、倉單質押融資、展示交易等業務，促進新型外貿業態發展。
上海自由貿易試驗區設立以來，有關部門創新監管制度，形成一批可複制、推廣的創新成果。
方案提出加快複製推廣自由貿易試驗區及海關特殊監管區域試點成熟的創新制度措施；深化「一線放開」、「二線安全高效管住」貿易便利化改革；落實「三互」推進大通關，加快推進「單一窗口」建設，加強口岸與海關特殊監管區域及海關特殊監管區域間聯動發展。
加快海關特殊監管區域整合優化，其實也是為了適應外貿發展新業態的需要，近年以跨境電子商務、外貿綜合服務平台、市場採購貿易為代表的新型貿易業態蓬勃發展，正需發揮海關特殊監管區域保稅功能，配套管理制度，推進新興產業「保稅+」計劃，包括「保稅+文化」、「保稅+金融」等，以促進新業態、新商業模式，向產業鏈兩端拓展，進一步推動海關特殊監管區域開放。
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